En 1991 forma su nueva banda, New Power Generation. A partir de 1993 y debido a graves conflictos con Warner Bros. sobre la autoría y posesión de sus canciones, Prince cambió su nombre a un símbolo impronunciable para evitar cualquier vínculo con su compañía discográfica. Durante este periodo también fue apodado como «El artista antes conocido como Prince» (a menudo abreviado como TAFKAP por sus siglas en inglés, The Artist Formerly Known as Prince), o simplemente «El artista». Bajo su nuevo nombre lanzó cinco álbumes más hasta firmar un nuevo contrato con la compañía Arista Records en 1998. Recuperó su nombre en 2000 y en 2004 lanzó el álbum Musicology, el cual le devolvió la popularidad.
Si bien gran parte de su éxito tuvo lugar durante la década de los ochenta, Prince fue siempre catalogado como uno de los artistas más relevantes de la música moderna. Se le considera el fundador del llamado «sonido Minneapolis», un híbrido musical surgido de la mezcla del uso de sintetizadores y del rock, el pop y el funk, propios de la región. Solo en los Estados Unidos, vendió alrededor de 40 millones de álbumes y algunas de sus canciones como: «1999», «Little Red Corvette», «When Doves Cry», «Let's Go Crazy», «Purple Rain» y «Kiss» ganaron popularidad a nivel mundial. Una de sus composiciones, «Nothing Compares 2 U», fue regrabada por la cantante Sinéad O'Connor en 1990 y disfrutó de un inmenso éxito en el mundo. La Enciclopedia Británica lo destaca como una de las más notables estrellas del pop junto con Michael Jackson y Madonna.
Prince falleció el 21 de abril de 2016 debido a una sobredosis accidental de fentanilo en su casa de Chanhassen. Tenía 57 años.