En los años noventa Bon Jovi se desmarcó del sonido glam que le había caracterizado en la década anterior, género que decayó a principios de los noventa debido al auge del rock alternativo. El grupo dio un cambio radical a su música y regresó en 1992 con el álbum Keep The Faith, que vendió más de doce millones de ejemplares. En 1994 el recopilatorio Cross Road se convirtió en el segundo álbum más vendido de la banda con veintidós millones de copias, destacando el éxito de la balada «Always», que obtuvo cuatro discos de platino. Con These Days (1995) coquetearon con el pop rock por primera vez, este álbum tuvo gran éxito en Europa, Asia y Latinoamérica. En el año 2000 alcanzaron gran éxito y repercusión gracias al sencillo «It's My Life» del álbum Crush, que fue número uno en las listas de nueve países y consiguió diez discos de platino, siendo este su último gran éxito comercial.
Durante las décadas de 2000 y 2010 siguieron editando álbumes de forma regular y obtuvieron algunos premios: En 2007 lograron su primer y único Grammy por el dueto de la canción «Who Says You Can't Go Home», interpretado junto a Jennifer Nettles; en 2010 obtuvieron el premio Icono Global en los MTV Europe Music Awards, en reconocimiento a su trayectoria; en 2013 ganaron cuatro premios en los Billboard Touring Awards, donde en 2016 fueron reconocidos como “Leyenda Viva”; y en 2018 ingresaron en el Salón de la Fama del Rock & Roll, siendo el grupo más votado por el público, muy por delante de otras formaciones como Radiohead, Judas Priest, Depeche Mode o The Moody Blues. En 2013 el guitarrista Richie Sambora abandonó la banda tras haber permanecido treinta años en ella, debido a diferencias con los demás miembros del grupo. Este fue sustituido por Phil X, que en 2016 fue nombrado miembro oficial.
Por otro lado, Bon Jovi ha participado en varios festivales importantes como el Monsters of Rock, el Rock in Rio y algunos de carácter benéfico como el Live 8, el Live Earth o el Moscow Music Peace Festival. También ha actuado en recintos de renombre mundial, como el antiguo Estadio de Wembley, Hyde Park, Donington Park, Central Park y el Madison Square Garden.