El álbum The Beatles fue lanzado en noviembre de 1968. Fue conocido popularmente como el Álbum Blanco por ser su portada totalmente blanca y contener solo el nombre del grupo en relieve. Además, en sus primeras ediciones reflejaba un número de serie en su cubierta. En contraposición a las anteriores fundas o cubiertas, el Álbum Blanco —publicado con el plus del diseño minimalista de Richard Hamilton— contrastaba con anteriores diseños de las cubiertas de estilo pop-art como los que realizaba Peter Blake. La inspiración creativa para este álbum llegó desde una nueva dirección, cuando, faltando la presencia rectora de Epstein, la banda se volvió hacia el Maharishi Mahesh Yogi para hacerlo su gurú. En su ashram en Rishikesh, India, la impartición de un «curso-guía» de tres meses se convirtió en uno de sus períodos más creativos, produciendo allí un gran número de canciones, incluyendo la mayor parte de las treinta grabadas para el álbum. Starr se marchó después de diez días de estancia allí, comparando aquel lugar con un campamento familiar de verano, y McCartney finalmente se aburrió con el procedimiento de sus compañeros en aquel lugar y se fue un mes después. Para Lennon y Harrison la creatividad se tornó en cuestionamiento cuando Yanni Alexis Mardas, técnico de electrónica conocido como Magic Alex, sugirió que el Maharishi estaba tratando de manipularles. Después de que Mardas alegara que el Maharishi había hecho proposiciones sexuales a varias asistentes, Lennon quedó convencido y se fue abruptamente, llevándose a Harrison y al resto de la comitiva consigo. En su ira, Lennon escribió una canción llamada «Maharishi», pero luego la modificó para evitar una demanda legal, convirtiéndola en la canción «Sexy Sadie». McCartney dijo: «Hemos cometido un error. Pensábamos que había algo más en el Maharishi de lo que realmente había»
Durante las sesiones de grabación para el álbum, que se extendieron desde fines de mayo hasta mediados de octubre de 1968, las diferencias y los desacuerdos comenzaron a dividirlos. Starr los dejó por un tiempo, lo que hizo que siguiesen adelante con McCartney tocando la batería en varios temas. El romance de Lennon con la artista vanguardista Yoko Ono contribuyó a crearles tensiones, haciendo que Lennon perdiese el interés en escribir canciones con McCartney.
La opinión general de la crítica se decantó finalmente a favor del White Album, y en 2003 la revista Rolling Stone lo consideró el décimo mejor álbum de todos los tiempos. Pitchfork describe el álbum como «grande, rebosante de ideas y lleno de una enorme variedad musical [...] sus defectos son tan esenciales a su carácter como sus virtudes». Allmusic señala: «Claramente, las dos fuerzas compositoras de The Beatles ya no estaban en la misma página, pero tampoco lo estaban George y Ringo»; a pesar de todo «Lennon crea una de sus dos mejores baladas, las letras de las canciones de McCartney son sorprendentes», es visible que Harrison se ha convertido en «un compositor que merecía una demostración más amplia» y la composición de Starr «es un placer».
Para ese entonces, el interés por las letras de The Beatles estaba tomando un aspecto serio. Cuando la canción de Lennon «Revolution» se había publicado como sencillo en agosto, como anticipo del White Album, su mensaje parecía claro: «libera tu mente» y «no cuentes conmigo» para cualquier conversación sobre la destrucción como medio para alcanzar un fin. En un año caracterizado por protestas estudiantiles que se extendían desde Varsovia hasta París y Chicago, la respuesta de la izquierda radical fue mordaz. Sin embargo, la versión de la canción en el White Album, «Revolution 1», añadía una palabra extra: «count me out... in» (traducible por: «no cuentes conmigo..., cuenta conmigo»), lo que implicaba un cambio de ideas desde la publicación del sencillo. De hecho, la cronología se había invertido: la ambigua versión del álbum se había grabado antes, pero algunos creyeron que The Beatles ahora decían que la violencia política podía ser, a pesar de todo, justificable.
El LP Yellow Submarine apareció finalmente en enero de 1969. Contenía sólo cuatro de sus canciones inéditas, junto a la pista del título, ya aparecida en Revolver; una canción editada en sencillo en 1967; y siete piezas instrumentales compuestas por George Martin e interpretadas con su orquestada. Debido a la escasez de música nueva que la agrupación proporcionaba, Allmusic sugirió que quizás el álbum «no fuese esencial», salvo por el tema «It's All Too Much» de Harrison, «la joya de las nuevas canciones [...] resplandecida por un mellotron envolvente, una percusión increíble, y un feedback de guitarra fastuoso [...] una excursión virtuosa en la por otra parte confusa psicodelia reinante»
Aunque Let It Be fue el último álbum que lanzaron, la mayor parte de su contenido fue grabado antes de Abbey Road. Inicialmente llamado Get Back, Let It Be se originó de una idea que Martin atribuye a McCartney: preparar nuevo material e interpretarlo por primera vez en un concierto, grabarlo para un nuevo álbum y filmar sus sesiones de grabación. En este caso, mucho del contenido del disco vino del trabajo en estudio, muchas horas de las cuales fueron capturadas en película por el director Michael Lindsay-Hogg. Martin dijo que los ensayos y la grabación para el proyecto, que ocuparon gran parte de enero de 1969, «no fue en absoluto una experiencia feliz. Fue una época en la que las relaciones entre los miembros de The Beatles estaban en su punto más bajo». Agravado por las relaciones entre McCartney y Lennon, Harrison abandonó los ensayos durante una semana. Regresó con el teclista Billy Preston, que participó en los últimos diez días de las sesiones del álbum y que fue acreditado en el sencillo «Get Back», el único músico en recibir tal reconocimiento en una grabación oficial de The Beatles. Pensando en la localización para realizar el concierto, a los miembros de la banda se les agotaron todas las ideas, rechazando, entre otros escenarios, un barco en el río Támesis, el desierto de Túnez y el Coliseo de Roma. Finalmente, acompañados por Preston, llevaron a cabo y filmaron la actuación en la azotea del edificio de Apple Corps en el 3 de Savile Row, Londres, el 30 de enero de 1969.
Martin se sorprendió cuando McCartney se puso en contacto con él y le pidió que produjera un nuevo álbum, ya que las sesiones de Get Back habían sido —según el productor— «una experiencia desagradable» y que había «pensado que era el final del camino para todos nosotros [...] se habían convertido en personas desagradables - para ellos mismos como para las demás personas.» Las sesiones de grabación de Abbey Road se iniciaron a finales de febrero de 1969. Lennon rechazó el formato propuesto por Martin de «una obra musical continua», y quería que sus propias canciones y las de McCartney ocuparan partes separadas del álbum. El formato final, con canciones individuales en la primera parte y la segunda comprendiendo un largo medley, fue un concepto sugerido por McCartney. El 4 de julio, mientras iba progresando el trabajo en el álbum, apareció el primer sencillo de un miembro de The Beatles en solitario: «Give Peace a Chance» de Lennon, acreditado a la Plastic Ono Band. La complementación de «I Want You (She's So Heavy)», de Abbey Road, el 20 de agosto, fue la última vez que los cuatro Beatles estuvieron juntos en el mismo estudio. Lennon anunció su retirada de la formación el 20 de septiembre de 1969, pero se llegó a un acuerdo por el cual no se haría ningún anuncio público hasta que no se resolvieran algunos asuntos legales aún pendientes.
Lanzado seis días después de la declaración de Lennon, Abbey Road vendió cuatro millones de copias en dos meses y encabezó las listas del Reino Unido durante once semanas. Su segunda pista, la balada «Something», se publicó también como sencillo, la primera y única composición de Harrison en aparecer como un lado A en los sencillos de The Beatles. Abbey Road recibió críticas muy variadas, aunque el medley se llevó el aplauso general. Allmusic considera que es «un oportuno canto de cisne para el grupo» con «algunas de las mejores armonías que pueden ser oídas en cualquier disco de rock». MacDonald lo resaltó como «errático y, a menudo hueco»: «Si no hubiera sido por la entrada de McCartney como diseñador del largo medley [...] Abbey Road carecería de la semblanza de unidad y coherencia que hace que parezca mejor de lo que es». Martin lo colocó como su favorito entre todos los álbumes de The Beatles; Lennon dijo que era «competente», pero «no tenía vida en él», llamando a «Maxwell's Silver Hammer» «más de la música de abuela de Paul». El ingeniero de grabación Geoff Emerick señaló que la sustitución de la válvula en la mezcladora de audio del estudio hizo que el transistorizado produjese un sonido con menos garra, dejando a los músicos frustrados por el tono más delgado y la falta de efecto.
El 11 de septiembre de 2019, el periódico The Guardian reveló que la banda no planeaba que Abbey Road fuera su último disco. De hecho, la fuente informa que Lennon envió una grabación a Ringo Starr, que se encontraba hospitalizado, para informarle de que estaban planeando nuevo material. Entre los planes del cuarteto estaba que cada uno de los músicos aportara un tema como mínimo, y hasta se pensaba lanzar un sencillo para Navidad. Las declaraciones fueron hechas por Mark Lewisohn.
El 8 de mayo se lanzó el álbum Let It Be, con producción final de Spector. El sencillo extraído de él, «The Long and Winding Road», fue su última publicación en los Estados Unidos, ya que en Gran Bretaña no se había publicado como tal. La película documental Let It Be le siguió más tarde en ese mes; en la ceremonia de los Premios Óscar del siguiente año ganaría el Óscar a la mejor banda sonora. The Sunday Telegraph la calificó como «una película muy mala, pero al mismo tiempo enternecedora [...] sobre la ruptura de esta tranquila, geométricamente perfecta, y alguna vez atemporal familia de compañeros». Más de una reseña crítica había comentado que algunas pistas de Let It Be sonaban mejor en la película que en el propio álbum.
Durante 1995 y 1996, el proyecto antológico dio lugar a un documental dividido en cinco partes destinado para la televisión; a una edición videográfica dividida en ocho volúmenes del mismo documental, pero expandido; y a tres álbumes con dos CD cada uno. Posteriormente, en 2000, también daría lugar a un libro de gran tamaño y tapa dura con la historia de The Beatles relatada en primera persona por sus ex miembros. Las dos canciones basadas en las maquetas de Lennon, «Free as a Bird» y «Real Love», fueron lanzadas cada una como sencillo. El diseño artístico de la portada tríptica de los tres álbumes antológicos fue obra de Klaus Voormann, creador de la portada del álbum Revolver en 1966. Los lanzamientos fueron un éxito comercial y la serie de televisión fue vista por una audiencia estimada de 400 millones de personas en todo el mundo.
En 1965, la reina Isabel II nombró a los cuatro Beatles miembros de la Orden del Imperio Británico (MBE). La película Let It Be (1970) de The Beatles, ganó un Óscar en 1971 por mejor banda sonora original. The Beatles han recibido 7 premios Grammy y 15 premios Ivor Novello por sus discos. Han sido certificados con 6 discos de diamante, así como 24 discos multi-platino, 39 discos de platino y 45 discos de oro en los Estados Unidos, mientras que en el Reino Unido tienen 4 discos multi-platino, 4 discos de platino, 8 discos de oro y 1 disco de plata. El grupo fue admitido en el Salón de la Fama del Rock and Roll en 1988. De forma colectiva, fueron incluidos en la recopilación de la revista Time de las 100 personas más influyentes del siglo XX. En 2009, la Asociación de la Industria Discográfica de Estados Unidos certificó que The Beatles habían logrado vender más discos en los Estados Unidos que cualquier otro artista. The Beatles han tenido más álbumes número uno en el Reino Unido que cualquier otro artista musical (un total de 15 álbumes), sumando con ello un total de 174 semanas de permanencia en la primera posición de la lista musical. Figuran, asimismo, en la primera posición como los más grandes artistas de todos los tiempos de las listas Hot 100 y Billboard 200 en la clasificación de Billboard de 2015.