Después de trabajar de manera constante durante más de diez años, Queen decidió en 1983 no realizar shows en vivo y tomarse el año sabático. A finales de 1983 existían conflictos entre Elektra y Queen: Mercury no quería grabar más discos para el sello. Se encontraba molesto por la forma en que la casa discográfica estaba representando a Queen en Estados Unidos. Capitol Records se encontraba muy interesada en Queen, cosa que consiguió, cuando el grupo abandono Elektra por Capitol. Jim Beach y Gerry Stickells intentaron en primavera organizar un nuevo tour por Sudamérica, pero por problemas de equipos y promotores decidieron dar marcha atrás. A principios de 1984, Freddie Mercury se encontraba realizando su álbum solista, en el cual, según sus palabras, podía expresar cosas que no podía en el contexto de Queen, como situaciones más personales.
El nuevo álbum de la banda apareció en febrero de 1984 bajo el título de The Works, con el cual marcaron un regreso parcial a sus raíces dentro de la música rock. Alcanzó el segundo puesto en Reino Unido, con una permanencia en la lista de noventa y tres semanas, llegando al poco tiempo a disco de platino. En Estados Unidos solo fue n.º 23 en ventas. Los sencillos "Radio Ga Ga" y "I Want to Break Free" fueron muy exitosos. Para el videoclip del primero se usó material de la película Metrópolis de Fritz Lang. En el video de "I Want to Break Free" aparecen los miembros de Queen disfrazados de mujer queriendo ridiculizar la serie de la televisión británica Coronation Street. Mercury recrea partes del ballet Debussy L'Apres-midi d'un faune. La MTV de los Estados Unidos rehusó pasar el videoclip. Otros sencillos del álbum fueron la balada "It's a Hard Life" y "Hammer to Fall", que trata acerca de la guerra fría. El álbum fue generalmente bien recibido por la crítica y tuvo buenas ventas a nivel mundial, aunque también hubo quienes añoraban el sonido de la década anterior.
El 12 y el 19 de enero de 1985, Queen tocó en la primera edición del festival Rock in Rio, en Río de Janeiro (Brasil). La segunda actuación salió a la venta en VHS bajo el nombre de Queen Live in Rio. A principios de 1985 se celebraron los British Video Awards. Queen ganó dos premios: uno The Works EP, una compilación de videos del álbum, y por el video de "Radio Ga Ga". Tras realizar un concierto en Nueva Zelanda, se dirigieron a Australia, haciendo una serie de ocho conciertos que se agotaron, en Melbourne y Sídney. Después de Australia, se dirigieron hacia Japón. Después de un pequeño descanso, la banda comenzó a ensayar para el Live Aid, un macroconcierto cuyos beneficios irían destinados a luchar contra la hambruna de África y en el que participarían algunas de las mayores estrellas musicales de aquel momento. Finalmente el evento se celebró el 13 de julio. En aquel recital, que en Inglaterra tuvo lugar en el estadio de Wembley con un público de 72.000 personas, Queen fue visto por la mayor audiencia televisiva de la historia hasta el momento, un total de 1900 millones de televidentes.
El 2 de junio de 1986 salió a la venta el álbum A Kind of Magic, que en Reino Unido alcanzó el n.º 1, manteniéndose en las listas durante 63 semanas. Fue muy distinta la recepción en Estados Unidos, llegando solo al puesto n.º 46 y llegando al disco de oro en 2002. Mientras el cuarteto británico iba perdiendo la atención del público estadounidense, en Europa se seguía manteniendo como una banda de éxito. En este contexto, Queen se embarcó en el Magic Tour para tocar en los estadios al aire libre de Europa. El grupo ensayó más de lo normal para este tour. En la gira se utilizó el escenario más grande y la plataforma de luces más extensa de la carrera del grupo, además de una pantalla gigante en Mannheim, Wembley y Knebworth, que era la pantalla más grande que había en Reino Unido en esa fecha. Una de las citas más señaladas del tour fueron las dos fechas, 11 y 12 de julio, que realizaron en el estadio de Wembley (Reino Unido) ante unas 72.000 personas cada noche, vendiéndose las entradas en solo seis horas. El rodaje de ambos conciertos se realizó con quince cámaras, además de un helicóptero para capturar tomas aéreas.
Los años siguientes los miembros del grupo anunciaron que no daban conciertos porque querían un tiempo de relajación. A comienzos de 1987, Taylor y Deacon se fueron de vacaciones a Los Ángeles. En esta pausa tuvo lugar el divorcio del guitarrista Brian May (posteriormente luchó contra la depresión y el suicidio), y a Freddie Mercury le fue diagnosticado el sida tras la Pascua de 1987, según su entonces pareja Jim Hutton. Mercury aprovechó el paréntesis para trabajar en material solista. El 23 de febrero de 1987 Mercury publicó el sencillo "The Great Pretender". En el video del nuevo corte, dirigido por David Mallet, Mercury usó varios disfraces y ropa que utilizó en los recitales y videoclips de su carrera. El sencillo llegó al puesto n.º 4 en Reino Unido. Queen volvió a ganar el Premio Ivor Novello el 15 de abril de 1987. El 10 de octubre de 1988, Mercury publicó su segundo álbum solista, Barcelona, esta vez junto a la soprano española Montserrat Caballé. Hacia comienzos de 1988, la banda se había reagrupado para preparar un nuevo trabajo.
The Miracle salió a la luz el 22 de mayo de 1989. El disco llegó al n.º 1, manteniéndose 32 semanas en lista y alcanzando al poco tiempo el disco de platino en Reino Unido. También llegó al puesto n.º 24 en Estados Unidos. El sencillo que gozó de mayor éxito fue "I Want It All", que llegó al número uno en varios países y al n.º 3 en el Reino Unido, manteniéndose siete semanas en listas. "Breakthru", "The Miracle", "The Invisible Man", y en menor medida "Scandal", también lograron posicionarse en los primeros lugares, reforzadas todas por videoclips que apoyaron su difusión. Algunas de las letras de los temas tienden a reflexionar sobre los logros pasados del grupo ("Khashoggi's Ship" y "Was It All Worth It"). Las canciones fueron acreditadas a 'Queen' y no a miembros concretos de la banda. La portada consiste en la unión de las caras de los cuatro integrantes, usando un Quantel Paintbox para lograr el efecto que se quería.
A pesar del debilitado estado de salud de Mercury, él insistió en hacer un nuevo trabajo. Innuendo fue publicado el 4 de febrero de 1991. Mientras que solo llegó al n.º 30 en los Estados Unidos, en el Reino Unido se fue al número uno, permaneciendo en las listas durante treinta y siete semanas y ganando el disco de platino. Aunque no contó con el apoyo unánime de la crítica, el nuevo álbum también gozó de gran éxito comercial. Las letras son generalmente autobiográficas desde el punto de vista de Mercury, como la de "These Are the Days of Our Lives" y "The Show Must Go On". El primer sencillo del álbum, la homónima Innuendo, es una de las canciones más largas de la banda y cuenta con varias secciones de distintos géneros, incluyendo un solo de guitarra flamenca a cargo de Steve Howe. El álbum también incluye una composición que habla de la imposibilidad que tiene la humanidad de vivir en armonía, "All God's People".
El 22 de noviembre de 1991, Mercury llamó al mánager de Queen, Jim Beach, para discutir un asunto público. Al día siguiente, se realizó el siguiente anuncio en nombre del cantante:
"Siguiendo la enorme conjetura de la prensa de las últimas dos semanas, es mi deseo confirmar que padezco sida. Sentí que era correcto mantener esta información en privado hasta el día de la fecha para proteger la privacidad de los que me rodean. Sin embargo, ha llegado la hora de que mis amigos y seguidores conozcan la verdad y espero que todos se unan a mí y a mis médicos para combatir esta terrible enfermedad. Mi privacidad ha sido siempre muy importante para mí y soy famoso por prácticamente no dar entrevistas. Esta política continuará."
Apenas dos días después de aquel comunicado, Mercury perdió su batalla contra la enfermedad, falleciendo a las 7 PM en su mansión de Londres. Tenía 45 años de edad. La última aparición pública del cuarteto fue en la entrega de los premios Brit Awards de 1990, por la contribución que tuvo Queen en la música británica. Las oficinas de Queen quedaron inundadas por flores en conmemoración del artista. El día 27 de noviembre sus restos fueron cremados en el West London Crematorium.
Tienen en su haber un total de quince álbumes de estudio, siete álbumes en vivo y numerosas recopilaciones. Desde la muerte de Mercury y el retiro de Deacon del mundo musical, May y Taylor se han presentado juntos ocasionalmente en eventos especiales y programas televisivos como músicos invitados junto a otros artistas. Desde 2004 hasta 2009, trabajaron junto a Paul Rodgers bajo el nombre de Queen + Paul Rodgers. Con unas ventas estimadas en torno a 200 millones de discos, Queen es uno de los grupos más exitosos de todos los tiempos; su primer álbum compilatorio, Greatest Hits (1981), es todavía el álbum más vendido en la historia del Reino Unido con 6 millones de copias en este país. Queen fue nombrado el decimotercer mejor artista de hard rock de todos los tiempos en una lista elaborada por VH1 (VH1's 100 Greatest Artists of Hard Rock list); además, en un sondeo realizado por la emisora BBC Radio 2 en 2007, Queen fue elegido como «el mejor grupo británico de todos los tiempos».
En 2018, la banda recibió el premio "Lifetime Achievement Award”, un galardón de los Grammys que rinde homenaje a aquellos artistas que hicieron a lo largo de su vida contribuciones de gran importancia en el campo de la grabación de música.