En agosto de 1975, al terminar la gira de presentación del disco The Lamb Lies Down on Broadway, Gabriel anunciaría que, por motivos personales, abandona la banda, cerrando la brillante etapa inicial. Pueden considerarse de transición los dos discos siguientes, todavía con Steve Hackett en la formación, sumados al disco en vivo grabado durante las giras de presentación de los mismos, titulado Seconds Out.
Ante rumores de separación definitiva se realizaron audiciones para reemplazar al cantante, lo cual parecía una tarea destinada al fracaso. En los ensayos de los temas compuestos para el nuevo disco, ante la ausencia de vocalista, fue el baterista y cantante ocasional de la anterior etapa, Phil Collins, quien ensayó las voces, convenciéndose el grupo de que podía ser una opción razonable, apoyado para el directo con su experiencia como actor teatral en sus años adolescentes.
La banda regresó a los estudios como un cuarteto en octubre de 1975 para comenzar su nuevo álbum. El resultado fue A Trick of the Tail, que llegó a ser número 3 en Inglaterra y número 31 en EE.UU. (el mejor puesto conseguido por un álbum de Genesis hasta entonces). El éxito confundió completamente a algunos críticos que no podían concebir a Genesis sin Peter Gabriel. Para las presentaciones en vivo, el grupo contrató a un baterista, ya que Phil Collins debía cantar. Bill Bruford, antiguo miembro de Yes y King Crimson, se unió al grupo durante unos meses en 1976, sin que la reunión llegara a cuajar más allá. Fue el baterista de Weather Report y miembro de la banda de Frank Zappa, Chester Thompson, quien llegó como batería para quedarse durante las tres siguientes décadas.
En septiembre de 1976, el grupo empezó a grabar Wind & Wuthering. El segundo disco sin Peter Gabriel salió a la venta en Estados Unidos a finales de ese año, y en la primera semana de 1977 en el Reino Unido. Esta obra y la anterior serían presentadas durante una gira que concluiría con la edición del álbum en vivo Seconds Out. Al finalizar la gira, Steve Hackett anunció su partida del grupo, considerando que su peso específico como compositor en la banda no era el adecuado, aunque manteniendo una buena relación con los demás. Esto se demostró en su primer disco en solitario en 1975, aún en paralelo a Genesis, Voyage of the Acolyte en el cual Collins y Rutherford tuvieron un papel fundamental, hasta el punto de considerarse por algunos críticos como "el disco que Genesis debió sacar tras la partida de Gabriel".
En 1978 un Genesis reducido a trío lanzó And Then There Were Three obteniendo un relativo éxito en las radios con el tema «Follow You, Follow Me». La accesibilidad de su propuesta musical iba en aumento. El siguiente disco en lanzarse, con mayores aportaciones de Phil Collins como compositor, será Duke, el cual se convirtió en su primer álbum número 1 en Inglaterra mientras ascendía al puesto número 11 en los EE.UU., incluyendo el tema de Collins «Misunderstanding» y el gran éxito «Turn It On Again», que se ha mantenido en las emisoras comerciales de música por más de treinta años.
En la década de los ochenta se editan Abacab, Genesis e Invisible Touch. De este último trabajo salen «Throwing It All Away», «Tonight, Tonight, Tonight», «In Too Deep», «Land of Confusion» e «Invisible Touch», todos llegaron al Top 5 en Estados Unidos, pero este último llegando al número 1 del Billboard. «Land of Confusion» fue además galardonado con el Grammy por tener uno de los mejores videos de ese año, con las figuras animadas en Spitting Image de Collins, Banks y Rutherford además de una original caricaturización de Ronald Reagan y Margaret Thatcher como protagonistas.
El último disco de estudio de esta etapa fue We Can't Dance (1991), que continúa la línea que el anterior con variados estilos característicos del grupo, aunque el peso de Collins es quizá mayor que en los anteriores, y la producción eleva (metafórica y físicamente) el volumen de la batería. Este álbum debutó como número uno en Inglaterra y alcanzó el número cuatro en Estados Unidos. «No Son of Mine», «I Can't Dance», «Hold On My Heart» y «Jesus He Knows Me» treparon con facilidad a los rankings mundiales. Este álbum es uno de los trabajos más vendidos de Genesis hasta la fecha. En 1992 y 1993 editarían dos álbumes en vivo que llegarían a ser platino en Estados Unidos.
En 1996 Phil Collins abandonó oficialmente Genesis, para centrarse en su carrera solista, y Ray Wilson fue su reemplazo como vocalista por un breve lapso de tiempo. Al no conseguir los éxitos esperados Genesis se separó definitivamente en 1998. Sin embargo en 2007 realizaron una exitosa gira de conciertos por Europa y los Estados Unidos, llamada "Turn It On Again", tras la cual en varias ocasiones se ha comentado una posible vuelta a los estudios de grabación. En el 2020 se anunció su regreso a los escenarios con la gira The Last Domino?, que además a Collins, Banks y Rutherford, incluye al guitarrista/bajista y colaborador Daryl Struemer y al hijo de Phil, Nicholas Collins en la batería en reemplazo de Chester Thompson.
Con aproximadamente 155 millones de álbumes vendidos en todo el mundo, Genesis se encuentra entre los treinta grupos más exitosos en ventas de todos los tiempos. Durante su trayectoria han recibido 4 nominaciones y 1 Premio Grammy, 3 nominaciones y 1 Premio American Music y nominaciones a los Premios Brit.